發酵床養羊與豬圈發酵床原理相同，操作也基本類似。但由于羊的生活習性與豬有很大差異，因此在一些操作上有一些需要注意的：

1、選址要求：由于羊生性喜清潔，要求飼料和飲水潔凈新鮮，對圈舍要求干燥通風，低洼潮濕和空氣污濁的環境容易導致寄生蟲病和蹄病。所以圈舍盡量選擇干燥平坦背風向陽，土壤透氣透水的沙土壤地最好。如果圈舍周圍地勢較低的話，可將地面處理成有漏縫地板的“吊腳樓”，下面留10-20cm空間避免多余水分浸泡墊料，同時也避免周圍。

2、墊料準備：養羊發酵床墊料層厚度一般略低于豬圈發酵床厚度，按40-50公分計算，墊料來源可以采用單獨使用鋸末或者鋸末、稻殼、秸稈相結合的方式。

3、菌種準備：
（1）用量：金寶貝發酵助劑1公斤，可以鋪建10-12平方的羊圈。單個圈舍面積不能過小，建議40-50平方為宜，養殖密度不能過高，建議每只羊占2平方左右。
（2）稀釋：金寶貝發酵助劑必須與米糠（或玉米粉），按菌劑：米糠（或玉米粉）=1：5以上的比例均勻混和稀釋（新鮮米糠的營養效果優于陳舊米糠）。

4、發酵床鋪建：將稀釋后的菌種與備好的墊料混合，為達到均勻效果也可采用多級稀釋的辦法；也可以先將谷殼鋸末混合物墊底層10公分左右，開始均勻撒入米糠稀釋的菌料均勻覆蓋，再鋪上10公分稻殼鋸末的混合料，按上面操作再撒入稀釋的菌種混合料直至達到40-50CM厚墊層。有條件的可適當噴撒紅糖水（可按70㎡ /公斤備用）到米糠菌劑混和物中。

5、日常維護：因為羊沒有豬翻拱的習慣，同時還喜歡清潔干燥的環境，所以對發酵床的日常維護就更為重要，要增加發酵床墊料翻倒撬動的頻率，至少要兩天翻倒一次，將山羊的糞尿進行掩埋，既有利于發酵床的順利進行，還能保持發酵床表面的清潔干燥。

6、墊料水分控制：由于羊喜歡較干爽的環境，原則上鋸末墊料無需額外加水，表層墊料含水量以不揚塵為標準，揚塵的話容易帶來羊的呼吸道疾病，影響羊的生長發育。最大濕度不能超過65%，否則應采取相應措施。注意雨水或地下水均不能滲入床內。標準羊圈面積應在20㎡以上（其他動物酌情調整），禁止10㎡以下做羊圈發酵床。

7、發酵節奏與溫度控制：發酵時，用手伸入10公分以下的內層，可感到有熱度，即是發酵床工作所致，并伴有酒精和泥土的清香味。圈舍發酵節奏與溫度可人為控制，要快速升溫與發酵，可采取如下一種或幾種綜合措施：增加發酵助劑用量、預先加紅糖水活化發酵菌劑、多添加新鮮米糠或尿素水等營養物、增加鋸末層厚度、增加翻倒次數并打孔通氣、適當調高鋸末混和物含水量（但混和物水分不能超過70%，否則會因腐敗菌發酵分解而產生臭味，與除臭目的背道而馳）等等。調低溫度可采用相反措施。內部溫度一般不要超過50℃，核心發酵層不超過60℃，表面溫度25-30℃以下。

8、發酵狀態：正常運行后的發酵床下層物料顏色逐漸變深變黑，無臭味而有淡淡酒香味，溫度基本穩定，有時能見到白色菌絲。此時，如需用肥或作粗飼料，可部分清運出舍，不用也可長年不清。