誤區一：施用時溫度過低，在施用微生物活體農藥時不選擇高溫的條件施用。誤區二：在干燥的天氣施用，這主要是因為環境濕度不足導致的。誤區三：不避太陽光，在高溫、強太陽光的中午施用使得藥效下降。誤區四：使用后被大雨沖刷，未根據天氣預報確定施用時間。誤區五：與殺菌劑混用，活體真菌與殺蟲劑混用會失去殺蟲的作用。
一、施用時溫度過低
有些農戶在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫高的天氣條件施用，甚至在冬季和早春寒冷的天氣條件下施用，因此沒有達到預期的防治效果。這是因為生物農藥施用時要求高溫。實驗表明，在25℃~30℃之間噴灑后的微生物活體農藥防治效果比在10℃~15℃時高1~2倍。
二、在干燥的天氣施用
晴天上午10點至下午4點前等高溫干燥的天氣條件下施用，農戶反映效果不佳，這主要是因為環境濕度不足導致的。最好在陰天、雨后或早晨等濕度較大時施用。
三、不避太陽光
沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，導致藥效下降。微生物活體農藥，最怕強烈的陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有致命的殺傷作用，且紫外線的放射線對伴孢晶體也有變形降效的作用，所以要在下午4點以后或者在陰天使用，效果會大幅度發揮。
四、使用后被大雨沖刷
芽孢最害怕大雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴施5~6小時后遇到小雨，不僅不會降低藥效，還會提高預防效果。小雨有利于芽孢的發芽，害蟲吃了會加速死亡。因此，應根據天氣預報確定施用時間。
五、與殺菌劑混用
如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲死亡，可持續傳染，群體大量死亡。但是作為活體真菌，如果與殺蟲劑混合，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。
