過濾的方式一般有物理過濾、植物過濾、生化過濾三種。常用的是物理過濾，通常是用過濾器進行過濾，過濾器有內置式、外掛式、上部循環過濾式等等。
過濾的方式
1、物理過濾方式。傳統的過濾方式比較簡便，通常是采用石粒、沙質進行滲透，可以除去一些較大的雜物，現代的則是利用各種過濾材料或者其他的輔助劑除去水中的懸浮物、雜質、樹葉等。
2、植物過濾方式。利用水中生長的植物，比如石菖蒲、浮萍等吸收水中的有害的物質，它們的根系發達，除了能起到過濾的作用，還可以將水中殘留的農藥、鐵離子等污物吸收掉。
3、生化過濾方式。主要是利用硝化菌這種有益的微生物來化解過濾水中殘留的雜質，同時將有害的物質轉換成有益的物質，通過這種過濾方式過濾的水依然適合魚的正常生長和生存。
過濾器的種類
1、內置式過濾器。又稱為沉水式過濾器，這種過濾器一般用的比較少，因為這種過濾方式會很容易受到污染。
2、外掛式過濾器。外掛式的過濾器是目前最先進的過濾器，一般用來過濾掉魚缸中殘留的藥物的，比較小巧，而且容易清洗。
3、上部循環式過濾。雖然它的體積比較大，比較占空間，但是它很方便，可以取出來進行清洗。
4、生化棉過濾式過濾器。又被稱作氣舉動式過濾器，使用這種過濾器的人相對來說較多，因為非常方便，它只要一個水泵就可以帶動多個水缸的過濾。
這種過濾器在過濾的時候比較溫和，不管是大魚還是小魚都比較適合。但是需要自己根據魚缸中的魚密度和喂食的次數進行清洗，如果清洗的不及時，則會造成水質受污染變質影響魚群生存。
5、外濾桶式過濾器。這種過濾器主要是用在觀賞缸上，因為觀賞缸里的魚數量少，不用繁殖，而且水質比較穩定，一般情況下清洗的次數較少。
6、背濾側濾。通常大量繁殖的時候，采用這種過濾器會非常方便，即使魚的密度大也可以使用，因此很多魚販使用。
7、底部過濾器。如果是種親魚，精養魚的時候選這種比較合適，不需要特別的進行保養，而且過濾效果很好，價格也比較便宜。
