主要有真菌類疾病、細菌性疾病、寄生蟲病、原生動物性疾病等，危害最大的是細菌性疾病和體內寄生蟲感染，實際病原種類大約有十余種，目前尚沒有病毒感染的證據。
1、真菌類疾病
主要有水霉病以及真菌性白內障。水霉病主要表現是體表或鰭生長棉絮狀白毛，魚體消瘦。治療方法是提高水溫至30℃，用亞甲基蘭和福爾馬林合劑浸泡。白內障有不同的誘因，如果眼睛鞏膜上長白毛，就可以確診了。治療方法和水霉病接近，也可以用鹽水浸泡，或在病灶部位涂抹癬藥膏。
2、細菌性疾病
惡性復合性細菌感染是一種對七彩神仙危害很大的疾病，它的主要癥狀是皮膚潰瘍、皮下充血、鰭基紅腫充血、鱗片豎立等，一旦癥狀發展到全身，會很快死亡，來不及醫治，在發病初期，可以用抗生素浸浴。腸炎，通常是由于攝入了不潔食物造成的。癥狀是拖白色粘膿的糞便，不攝食。由于拒食，投喂藥餌的方法收效甚微，可以用灌腸的辦法，即注射器連接軟管，將藥液從食道注入腸道內。適合治療腸炎的藥物主要有土霉素或氟哌酸。
3、體內寄生蟲疾病
毛細線蟲、絲蟲、蟯蟲、絳蟲在體內寄生很普遍，即使正常健康的魚體內也可能有寄生蟲，當魚體質良好時不會表現明顯的癥狀，而一旦水質變壞、魚抵抗力下降，寄生蟲就會對魚造成致命傷害。飼養七彩神仙的專業漁場常定期在魚飼料中添加殺蟲藥，一般一周或兩周喂一天藥餌，飼料中所添加的藥物通常是腸蟲清，也有用敵百蟲的，后者藥量較難掌握。
