1 ．腸炎病
中華鱘腸炎病多發生于全長30 . 5 ～ 35 . 0 毫米的仔鱘，也見于幼鱘和成鱘。病魚多靜伏水底，呼吸急促，不吃食。
外觀可見十二指腸和瓣腸充血紅腫，胃多充氣脹大，肛門突出、腐爛。感染率70 ％～90 % ，危害性大，目前無有效治療方法。注意保持水質清潔，及時清污，經常對養殖池進行藥物消毒，活餌料在投喂之前用藥物清洗（10 微升／升孔雀石綠15 ～ 20 分鐘）消毒等，對預防該病發生有較好效果。
2 ．水霉病
多發生于魚卵孵化和幼爵培育過程中，嚴重感染水霉病的卵、仔爵和幼鱘死亡率高，且難于治療，因此應以預防為主，方法與其它魚類相同。
3 ．泛池
中華鱘窒息點較高，為2 . 261 ～ 2 . 887 毫克／升，極易發生泛池事故，造成巨大損失。泛池時鮮魚表現為上下沉浮不安，多次仰腹朝天，時間稍久即窒息死亡，下沉水底。若能及時發現，及時注人新水，可避免損失。此外，當水體溶氧量長期低于5 ～6 毫克／升時，鮮魚雖能存活但生長停滯，體質減弱。
4 ．敵害生物
中華鱘仔鱘和幼鱘養殖主要的敵害生物有水老鼠、貓和青泥苔。前兩者為直接捕食仔幼鱘，后者是由于幼鱘被池中青泥苔掛住，不能退出而死亡，應及進對這些敵害進行清除。
