綠頭野鴨的抗病能力比家鴨強，一般成年鴨較少患病，但育雛期對溫度、飼料品質和營養水平的要求較嚴，很少因傳染性疾病而死亡。因飼養管理不當使雛鴨患病死亡，則是雛鴨死亡的主要原因。冬季和早春氣溫低，育雛管理如不注意保溫，則鴨雛易扎堆或受寒拉稀，感染肺炎并造成死亡。霉變飼料易引起綠頭野鴨霉菌中毒，其死亡率高于北京鴨與紹鴨。因此，野鴨飼料必須新鮮。
雖然綠頭野鴨抗病力強于家鴨，疾病較少，但在人工馴養及常與其他禽類接觸的條件下也可感染不少禽類疾病。常可發生的疾病有鴨瘟、鴨病毒性肝炎、禽流感、禽霍亂、鴨疫巴氏桿菌病、大腸桿菌病、沙門氏菌病、禽丹毒、衣原體、絳蟲病與棘頭蟲病等。現介紹部分常見疫病及防治方法：
野鴨瘟
病原 野鴨瘟又稱病毒性腸炎，是野鴨瘟病毒引起游禽類候鳥的急性敗血性傳染病，綠頭野野鴨易感染發病。本病可全年發生，但夏秋季多發。幼野鴨、成野鴨均可感染，種野鴨發病死亡率高。病原存在于病野鴨及帶毒野鴨分泌排泄物中，可通過消化道、呼吸道、交配、傷口與吸血昆蟲等多種途徑傳播。
癥狀 潛伏期2天～5天。病野鴨精神沉郁，厭食或絕食，腿麻痹無力，嚴重腹瀉，拉綠色稀糞。鼻流黏液，呼吸困難，眼流漿液性或黏液濃性液體，結膜出血有小潰瘍。部分病野鴨頭頸腫脹。病程2天～10天。
病變 頭頸皮下水腫，皮膚出血，體內黏膜漿膜及多處器官出血。肝、脾臟腫大出血及灰黃小壞死灶。特征病變為口腔、食道及泄殖腔黏膜壞死，形成灰白色或黃褐色痂。腸黏膜出血及小壞死灶，小腸環狀帶出血，腫脹及表面壞死。
防治 在疫區，每年用野鴨瘟弱毒苗對野鴨群定期接種，可預防本病。20日齡雛野鴨或成年野鴨用苗后免疫期可達半年。發病后野鴨瘟弱毒苗全群緊急接種也可控制疫情。病野鴨用野鴨瘟血清0．5毫升／只肌注，有一定療效。同時作好野鴨場消毒及病死野鴨處理。
病毒性肝炎
病原 是野鴨肝炎病毒引起雛野鴨發生的一種傳染病。本病主要發生于5日齡～10日齡雛野鴨。在孵化季節，可在雛野鴨中很快傳播，常經消化道、呼吸道感染。
癥狀 潛伏期1天～4天，突然發病，病程短促。病初精神委頓，不能隨群走動，不食，眼半閉呈昏睡狀態，有的腹瀉。隨后病野鴨出現神經癥狀，不安，運動失調，身體倒向一側，兩腳發生痙攣，數小時后死亡。死前頭向后彎，呈角弓反張姿態。
病變 肝臟腫大柔軟，外觀呈淡紅色或花斑狀，表面有出血點或出血斑。膽囊腫大，充滿膽汁。脾臟有時腫大，外觀有花斑。多數野鴨腎臟充血，腫脹。其他臟器無明顯變化。
防治 本病尚無治療藥物。發病后可用高免血清或康復后野鴨的血清進行早期治療（0．5毫升／只，肌肉注射），可減少死亡和阻止疫病的擴散。另外在收集種蛋前2周～4周，給產蛋雌野鴨肌肉注射弱毒野鴨肝炎疫苗，可通過卵黃將母源抗體傳遞給雛野鴨，使其在15天內具有一定的抗病能力。對無母源抗體的雛野鴨也可直接注射弱毒野鴨肝炎疫苗。
野鴨疫巴氏桿菌病
病原 本病又稱野鴨傳染性漿膜炎，由野鴨疫巴氏桿菌引起，主要感染家野鴨，野野鴨亦有易感性。1周齡～8周齡雛野鴨易感染發病，惡劣環境及大腸桿菌等并發病可促進發病，死亡率20％～75％不等。
癥狀 急性病野鴨眼鼻分泌物增多，咳嗽與噴嚏，腹瀉及運動失調，病程2天～3天。慢性者拉稀，消瘦，步態不穩。部分病野鴨有神經癥狀。
病變 特征性病變為心包、肝周及氣囊附著灰白色纖維素。脾臟腫大，充血斑。有時見鼻竇內黏液濃性滲出物。
防治 氯霉素每千克0．4克～0．6克或每千克0．6克～0．8克土霉素，拌料投藥3天～5天，配合使用B族維生素有較好的效果。根據用藥效果，交替使用慶大霉素、新生霉素及林肯霉素亦能顯著降低死亡率。
平時應加強野鴨舍通風、干燥、防寒及清潔衛生工作。野鴨疫巴氏桿菌滅活苗或與大腸桿菌混合滅活苗接種7日齡～10日齡雛野鴨，可預防本病。
野鴨霍亂
病原 野鴨霍亂也叫野鴨出血性敗血病、野鴨巴氏桿菌病。是由禽型巴氏桿菌引起的對野鴨危害極大的傳染病。成年野野鴨較易感染發病，死亡率很高。
癥狀 急性型野鴨群突然死亡；亞急性型病野鴨精神不振，體溫升高，不食，愛喝水，不喜歡活動，呼吸加快，下痢，拉綠色或白色稀糞，發病快，死亡率高；慢性型病野鴨關節水腫，跛行，常見咳嗽。
病變 最急性病例尸體剖檢常未見特殊病變。急性病例，可在皮下組織、心冠脂肪、肺、氣管、腹腔漿膜發現大小不等的出血點；腸黏膜有程度不同的充血，出血，尤其十二指腸最為嚴重；肝臟腫大，呈土黃色，表面密布針頭大灰黃色壞死點。
防治 加強飼養管理，搞好清潔衛生，發現有病發生，必須封鎖，隔離和消毒。發病野鴨群，注射出血性敗血癥血清。未發病野鴨接種禽霍亂疫苗，1月齡以上野鴨，肌注2毫升。在飼料中加入磺胺噻唑0．5％～1．0％，連續喂幾天，同時加喂B族復合維生素，可減少產蛋下降等副作用。每只成野鴨肌注鏈霉素10萬國際單位或青霉素2萬國際單位，每天兩次，可治療本病。
曲霉菌病
病原 由煙曲霉菌引起的一種真菌病。發霉飼料、墊草以及霉菌污染的食槽、用具是主要的傳染源。野野鴨吃了霉變的飼料，易引起霉菌中毒，死亡率較高，尤其是幼野鴨。
癥狀 多發生于2周齡內的雛野鴨，病野鴨精神萎靡，閉眼瞌睡，食欲減退或不食，口渴，吞咽困難。病情嚴重時，呼吸困難，張口呼吸，口鼻有分泌物，后期下痢，消瘦虛弱而死亡。
病變 氣管和支氣管中有淡黃色滲出物，肺部有小米粒大到綠豆大的黃白色或灰白色結節，較為堅實，內容物呈干酪狀，含大量菌絲體。
防治 不喂發霉飼料，食槽、水槽、用具每天洗刷，保持清潔。野鴨舍應通風、清潔、干燥，墊草保持干燥，野鴨舍定期進行消毒。治療可在飼料中加入制霉菌素，雛野鴨每只每天用量為2毫克～3毫克。
衣原體病
病原 為鸚鵡熱衣原體引起的多種禽類接觸性傳染病。野野鴨也可感染。病原經病野鴨呼吸道及消化道排出，健康野鴨吸入空氣中糞塵或飛沫而感染，也可經蛋傳播。飼養管理不良，沙門氏菌及野鴨疫巴氏桿菌也可并發感染本病。
癥狀 幼野鴨精神不振，食欲廢絕，眼鼻發炎，呆立顫抖，步態不穩，腹瀉衰竭，后期痙攣死亡。
病變 病變類似野鴨疫巴氏桿菌病及大腸桿菌病。氣囊、心包、肝、脾臟表面觸片，姬姆薩染色鏡檢，單核細胞漿內見包涵體可以確診。
防治 氯霉素、金霉素混料投服，可同時控制野鴨疫巴氏桿菌病及大腸桿菌病。
平時禽舍應防止其他禽類及野鳥進入，加強場地清潔衛生及消毒。
野鴨棘頭蟲病
病原 是多形棘頭蟲寄生于野鴨科禽類腸道而引起的寄生蟲病。綠頭野野鴨易感染，幼野鴨危害嚴重，死亡率高于成野鴨。棘頭蟲常以幾種淡水蝦類為中間宿主，野鴨吞食含有感染性幼蟲的蝦類而發病。感染季節多為7月～8月。
癥狀 幼野鴨嚴重時表現為貧血、衰竭與死亡。成野鴨多無明顯癥狀。
病變 小腸內寄生的蟲體呈橘紅色，長幾毫米至14毫米，腸有黏膜出血與潰瘍，漿膜增生小結節。
防治 可用硝硫氰醚，每千克體重每次100毫克～125毫克投服，或用四氯化碳，每千克體重0．5毫克～2毫克1次嗉囊投入。
平時應每年干塘，消滅中間宿主，定期驅蟲及加強野鴨糞處理。
