大部分菠蘿園土壤為磚紅壤，土層深厚，質地黏重，黏粒含量高達60％以上，呈酸性至強酸性，土壤鹽基強烈淋失，交換量低，一般為5厘摩爾／千克，主要特點是養分有效性低、水分脅迫、土壤侵蝕，磷高度固定，高酸度導致的鋁毒、錳毒和土壤生物多樣性低。而錳毒會對鐵、鎂、鋅等二價陽離子的吸收造成紊亂，菠蘿容易發生缺鐵、鎂癥狀，有時也會表現出缺鋅癥狀。通過施用土壤調理劑，可減少錳毒害；葉片噴施鐵、鎂、鋅，避免中微量元素缺乏。

試驗表明，土壤ＰＨ每上升一個單位，土壤中錳活性就降低50～100倍。對于大多數作物而言，施用石灰是控制錳毒害的有效方法，而菠蘿生長喜酸性土壤，土壤ＰＨ升高，會對菠蘿根系的生長產生不良影響，施用石灰量不能太高，適當增施磷肥，補充土壤中的鈣含量，以增加土壤的緩沖性。


菠蘿園土壤利用強度大，生長環境溫度較高，養分周轉快，在集約化經營方式和多年連作種植下，土壤有機質呈持續下降趨勢，導致土壤質量退化，土傳病害滋生嚴重；而化學肥料長期大量投入、比例失調、養分不平衡會造成土壤板結等理化障礙；而肥料的過量和不合理施用會在雨季造成淋洗，對農田生態環境安全造成威脅。

據調查，農田改種菠蘿后，種植第1年土壤有機質0～20厘米土層平均下降了57％，第2年平均下降了60％，第4年平均下降達77.6％。菠蘿園隨著種植年限的延長，土壤有機質、氮、堿解氮和速效鉀含量不斷下降，第4年與第1年比較，這三年中每年平均分別以6.8％、14.3％、12％和19.4％的速率下降。因此建議菠蘿園地應換茬種植，以減少病蟲害的發生。


菠蘿的病、蟲、害較少，一般連續種植3年以上，病、蟲、害發病率就會增加。在同一塊土壤中連續栽培同種或同科的作物時，即使在正常的栽培管理狀況下，也會出現生長勢變弱、產量降低、品質下降、病、蟲、害嚴重的現象。連作障礙是作物與土壤兩個系統內部諸多因素綜合作用結果的外在表現，菠蘿繼續種植5年以上，菠蘿心腐病、凋萎病、黑心病等明顯增多，土壤有害微生物和病、蟲、害造成的減產達1／3以上，要保持原有產量，勢必要使用更多的肥料和農藥，形成一個肥藥施用量交替上升的死循環。輪

作能提高經濟效益和作物產量，改善作物殘茬管理，減少土壤侵蝕，利于雜草控制和防治病、蟲、害，增加土壤有機質，改善土壤結構，提高土壤水利用率，且輪作年限周期越長越為明顯。因此，輪作是必要的。輪作模式與連作模式相比，有利于降低作物發病指數，降低土壤容重，改善土壤的通氣性、透水性，增加土壤微生物生物量，增強土壤酶活性，提升土壤有機質，提高土壤肥力。