大閘蟹常見疾病有：水霉病、腸炎病、水腫病、黑鰓病、爛肢病、腐殼病、纖毛蟲病等。
一、水霉病
1.主要癥狀：病蟹的體表及附肢或傷口處出現2cm~3cm灰白色棉絮狀菌絲并大量繁殖深透肌肉，蔓延到組織間隙之間，大閘蟹體表受刺激后分泌大量黏液，行動遲緩，食欲減退，體質瘦弱，傷口部位組織發生潰爛并蔓延，最后因無法蛻殼而死亡。
2.治療方法：①用3%~4%的食鹽水溶液浸洗病蟹3min~5min，或用3g/m3~5g/m3的水霉靈（主要成份：五倍子）藥液浸洗病蟹25min~30min。②全湖潑灑二溴海因（主要成份：二溴海因，規格10%），水深用量為150g/畝/m~200g/畝/m。③全湖潑灑水霉凈（主要成分：五倍子、連翹、磺胺二甲嘧啶、增效劑），用量為50g/畝/m，水霉較多時可增至50g/畝/m~80g/畝/m。
二、腸炎病
1.主要癥狀：病蟹食欲減退，行動遲緩，體色發白。解剖后發現腸道發紅且無食、無糞便，有時肝、腎、鰓也會發生病變，有時表現出胃潰瘍且口吐黃水。有時肝、腎、鰓亦會發生病變，有時表現出胃潰瘍且口吐黃水。
2.治療方法：①用菌毒殺星（主要成分：黃連、黃芩、黃柏、大黃、梔子、地錦草、大青葉、金銀花、魚腥草、免疫增強劑）拌料投喂，每10 ㎏飼料用量為40g~50g，連喂3d~4d。②全湖潑灑聚維酮碘溶液（主要成分：聚維酮碘，1-乙烯基-2-吡咯烷酮均聚物與碘的復合物；規格：10%），用量為300ml/畝/m~500ml/畝/m，隔日1次，連用2次~3次。③全湖潑灑雙季銨鹽絡合碘（主要成份：雙八/十烷基二甲基絡合碘,穩定劑,絡合劑等；原料規格：季40%碘4%），用量為100g/畝/m~150g/畝/m，每隔2日~3日用1次，連用2次~3次。
三、水腫病
1.主要癥狀：病蟹腹部、腹肌及背殼下方腫脹，呈透明狀，行動緩慢，滯留岸邊，不下水，不攝食，最后衰竭而死。此病是由大閘蟹腹部受傷后受到病菌感染所致。
2.治療方法：①全湖潑灑氧化鈣（生石灰），用量為15kg/畝/m左右，將pH值調節在7.5~8.5之間。②全湖拋撒速效底居安（主要成分：四羥甲基硫酸磷、高滲透殺菌劑、吸附劑、分解劑、螯合劑等），用量為150g/畝/m~200g/畝/m，每日1次，連用2次。③全湖拋撒粒粒菌凈（主要成份：溴氯海因、過鈣、氧化劑等；含量規格：100g︰24g），用量為150g/畝/m~200g/畝/m，隔日1次，連用2次。
四、黑鰓病
1.主要癥狀：患病初期，部分鰓絲呈現暗灰或黑色。隨著病情發展，鰓絲全部變成黑色，鰓絲殘缺不全，末端及呼吸器官壞死，呼吸困難，行動遲緩，常在岸邊或附著于水草上，嚴重時數日內死亡。
2.治療方法：①全湖潑灑氧化鈣（生石灰），用量為10kg/畝/m~15kg/畝/m，保持養殖水體呈弱堿性。②全湖潑灑強力消毒靈（主要成分：二氯異氰脲酸鈉；規格：20%），用量為180g/畝/m~200g/畝/m，每日1次，連用3次。③全湖潑灑溴氯海因粉（主要成分：溴氯海因；規格：24%），用量為80g/畝/m~110g/畝/m。每日1次，連用2次。
五、爛肢病
1.主要癥狀：病蟹步足上均有塊狀潰瘍斑點殼下有洞穴狀，背甲、腹部以及附肢上也有腐爛、潰瘍的癥灶，肛門腫脹，活動力下降，攝食量減少，發病嚴重時停止攝食，最終均因無法脫殼而死亡。
2.治療方法：①全湖潑灑硫醚快殺（主要成分：丙烯基二硫醚、丙烯基三硫醚、抗病毒因子、抗免疫增效劑等），用量為100ml/畝/m，每日1次，連用2次。②全湖潑灑溴氯海因粉（主要成分：溴氯海因；規格：8%），用量為240g/畝/m~300g/畝/m，每日1次，連用2次。③全湖潑灑菌毒立凈（主要成份：戊二醛溶液；規格：20%），用量為130ml/畝/m，每日1次，連用2次。
六、腐殼病
1.主要癥狀：病蟹步足尖端破損，成黑色潰瘍并腐爛，然后步足各節及背甲出現白色斑點，斑點的中部凹下，呈微紅色并逐漸變黑潰瘍成洞，可見肌肉或皮膜，最終導致病蟹死亡。潰瘍部位還經常遭受細菌或真菌感染而引起其它疾病。
2.治療方法：①用蟹病康（主要成份：諾氟沙星；規格：100g︰2.5g）拌料投喂，每1㎏飼料用量為12g，每日1次，連用3次~5次。②全湖潑灑漂白粉（主要成分：次氯酸鈣、氯化鈣、氧化鈣、氫氧化鈣；有效氯含量為30%），用量為1.0kg/畝/m~1.5kg/畝/m。③全湖潑灑二溴海因（主要成份：二溴海因；規格10%），用量為150g/畝/m，病情較重時，隔日再用1次。
七、纖毛蟲病
1.主要癥狀：大閘蟹發病初期，體表長有黃綠色及棕色絨毛狀物及其它污物，對外來刺激反應遲鈍，驚而不動，手摸體表有滑膩感，鏡檢可見原生動物及綠狀藻；發病中、后期，蟹體周身被厚厚的附著物附著，造成鰓絲受損，呼吸困難，繼而引發細菌病，造成食欲減退，體質虛弱，最終因蛻殼不遂而死亡。對大閘蟹養殖造成危害的纖毛蟲主要種類有聚縮蟲、累枝蟲、鐘形蟲、單縮蟲等。
2.治療方法：①全湖潑灑甲殼凈（主要成份：七水硫酸鋅、增效賦形劑等），用量為500g/畝/m~650g/畝/m。若有絲狀藻類和污物附著時，隔日再用1次。②全湖潑灑纖蟲凈（主要成份：七水硫酸鋅；規格：60%），用量為200g/畝/m~250g/畝/m。③全湖潑灑滅苔纖蟲凈（主要成分：印楝提取物、陽離子表面活性劑），用量為20ml/畝/m~25ml/畝/m，纖毛蟲、青苔危害嚴重時，可增加至25ml/畝/m~30ml/畝/m。
