水稻秧苗期最常見的病害是立枯病、青枯病、苗稻瘟和惡苗病，這幾種病害遇到氣候反常、溫差大，“倒春寒”明顯的氣候情況和氣溫偏低的年份最容易發病。
水稻立枯病
水稻立枯病為鞭毛菌亞門的腐霉菌。病菌在土壤中越冬，水稻播種后，病菌開始侵害秧苗，秧苗在缺水的條件下發病最為嚴重。該病多發生在水稻旱育秧田，是水稻旱育秧田常發性主要病害。其癥狀是在秧苗二葉期以后，葉尖枯黃萎縮，根毛稀少，初期在苗床上成簇成片發生。4葉期后發病癥狀為突發性青枯，成簇成片的秧苗葉片縱卷萎蔫，繼而枯死。低溫、陰雨、光照不足是誘發立枯病的重要條件，其中以低溫影響最大。在低溫條件下幼苗抗病能力降低，有利于病害發生。如天氣持續低溫或陰雨后暴晴，土壤水分不足，幼苗生理失調，病害發生加重。
因此，低溫陰雨過后要及時檢查秧苗的生長情況，如發現有秧苗葉尖不吐水或秧苗有異樣時，應立即用25%甲霜靈可濕粉按每平方米0.75克或58%甲霜靈錳鋅可濕粉按每平方米1克，兌水2至2.5公斤噴澆于育秧床上進行防治。
水稻青枯病
水稻青枯病有兩種，一種是水稻秧田期的生理性青枯病，發生比較常見，常與立枯病混合發生。其癥狀是水稻地上部分迅速失水而枯死，秧苗枯死時仍呈綠色；另一種是本田后期發生的細菌性基腐病，表現為田間零星發生，甚至1叢中僅有1—2株發病，病株基部莖節發硬、變黑并伴有惡臭味。生理性青枯病多發于水稻3葉期前后。主要是由于低溫冷害、冷后暴晴或溫差過大，比如在水稻秧田揭膜前沒有及時通風煉苗，造成秧苗徒長，揭膜后，秧苗不能適應環境，而造成秧苗體內水分供給失調，繼而引起地上部分迅速失水而枯死。
青枯病的防治主要是在苗齊后，進行及時通風煉苗，只要不是大風天氣，即使是陰天也要堅持通風煉苗。水育秧田，要在大風降溫到來前，通過調節水層保護秧苗。藥劑防治可選用15%立枯凈，每畝秧田用100克藥劑，兌水50公斤—60公斤，在晴天下午三點以后噴施兩次，間隔7天一次；或用65%敵克松可濕性粉劑1.5公斤，或多菌靈2公斤兌水60公斤噴霧或澆施。
水稻苗稻瘟
水稻苗稻瘟是水稻秧田期一種常見病，主要是由種子帶菌和帶病稻草誘發的病害，苗稻瘟在秧苗三葉期以后開始發病。其癥狀是病苗基部灰黑，上部變褐，蜷縮而死，濕度較大時病部產生大量灰黑色霉層。發病因素在雨、霧、露存在條件下利于發病，氣溫在20℃—30℃，尤其是在24℃—28℃，陰雨天多，相對濕度保持在90%以上時，容易引起稻瘟病嚴重發生。
預防苗稻瘟病害一般在秧苗三葉期以后，選用40%硫環唑，每畝150克，兌水50公斤—60公斤預防兩次，間隔7天一次。也可用75%三環唑60克—80克或富士1號100毫升兌水60公斤噴霧或澆施。
水稻惡苗病
水稻惡苗病的苗期發病病苗比健苗細高，葉片葉鞘細長，葉色淡黃，根系發育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡紅或白色霉粉狀物，發病節間明顯伸長，節部常有彎曲露于葉鞘外，下部莖節逆生多數不定須根，分蘗少或不分蘗。剝開葉鞘，莖稈上有暗褐條斑，剖開病莖可見白色蛛絲狀菌絲，以后植株逐漸枯死。濕度大時，枯死病株表面長滿淡褐色或白色粉霉狀物，后期生黑色小點即病菌囊殼。
防治方法是在水稻秧苗1葉—2葉期時，使用青枯立克50毫升+大蒜油15毫升，兌水15公斤噴霧，5天—7天1次，連噴2次，也可噴灑95%綠亨1號（惡霉靈）進行防治，劑量以包裝袋上說明為準。
