辣椒常見病害有綿腐病、鏈格孢黑斑病、紅色炭疽病、黑霉病、褐斑病、根腐病等。
辣椒綿腐病：幼苗發病時，基部會腐爛縊縮，成株期發病時，椒果會逐漸腐爛，防治時可在發病初期噴施72%普力克水劑400倍液，每平方米噴施2-3升。
辣椒鏈格孢黑斑病：病部出現淡褐色、不規則形的病斑，病斑上面具有黑色霉層，防治時可在發病初期噴施80%代森錳鋅可濕性粉劑600-700倍液。
一、辣椒綿腐病
1、發病癥狀
（1）幼苗發病時，基部會腐爛、縊縮，直至死亡。
（2）成株期主要危害果實，發病后椒果會腐爛。環境較潮濕時，發病部位會出現大量的白霉，導致椒果無法食用。
2、發病規律
（1）病菌的生長適宜地溫為15-16℃，發病適宜地溫為10℃，溫度超過30℃時會抑制病菌的生長。
（2）氣溫較低時病菌依然能夠活動，如果育苗期遇到低溫天氣，或環境中的濕度較高，則會為此病害的發生提供有利條件。
3、防治方法
發病初期，每平方米面積噴施2-3升72%普力克水劑400倍液，或每平方米面積噴施3升15%惡霉靈水劑450倍液。
二、辣椒鏈格孢黑斑病
1、發病癥狀
（1）發病后，病部會出現淡褐色、不規則形的病斑（稍凹陷），一般情況下，1個椒果上只會出現1個病斑，直徑約為10-20毫米左右。
（2）病斑上會出現黑色霉層，即病菌分生孢子梗及分生孢子，部分情況下病斑愈合后可能還會形成更大的病斑。
2、發病規律
病原體一般會在植株的病殘體上越冬，發生情況和日灼病有所關聯，因為此病害多發生在日灼處。
3、防治方法
發病初期，噴施80%代森錳鋅可濕性粉劑600-700倍液，或50%異菌脲可濕性粉劑1000倍液，或75%百菌清可濕性粉劑600倍液。代森錳鋅每季只能使用1次，以防錳離子超標。
三、辣椒紅色炭疽病
1、發病癥狀
發病后，會出現黃褐色、水浸狀的凹陷病斑，病斑上密生橙紅色的小點，且略呈輪紋狀排列。濕潤時，病斑表面會出現粉紅色的黏性物質。
2、防治方法
發病初期，噴施80%炭疽福美可濕性粉劑800倍液，或25%咪鮮胺乳油1000倍液，或80%波爾多液可濕性粉劑400倍液，或50%施保功可濕性粉劑1000倍液，或25%溴菌腈可濕性粉劑500倍液，或70%丙森鋅可濕性粉劑600倍液，每隔7-10天噴1次，連噴2-3次。
四、辣椒黑霉病
1、癥狀
（1）該病害一般會先從果頂開始發病（有時也會從果面開始發病），發病初期病部的顏色會變淺，沒有光澤，果面會慢慢收縮，而且還會出現茂密的絨狀霉（此為病原菌），其顏色一般為綠黑色或黑色。
（2）該病害大多會在果實接近成熟時（或成熟期）發生，若環境中的濕度較大，葉片也會受到危害。
2、防治方法
結合炭疽病的防治工作噴施50%咪鮮胺可濕性粉劑800倍液，或噴施27%銅高尚懸浮劑500倍液。病情比較嚴重時，可單獨噴施75%百菌清可濕性粉劑600倍液。
五、辣椒褐斑病
1、癥狀
（1）發病后，植株的葉片上會出現圓形或近圓形的病斑，病斑的顏色一開始為褐色，之后慢慢變為灰褐色，病斑的表面稍隆起（中央有個淺灰色的中心），周緣具有黃色暈圈，發病嚴重時，葉片會變黃脫落。
（2）該病害還會在植株的莖部上面發生，癥狀和上述類似。
2、防治方法
發病初期，噴施80%代森錳鋅可濕性粉劑500-600倍液，或53.8%可殺得2000干懸浮劑1000倍液，或75%百菌清可濕性粉劑500-600倍液，或1：1：200倍式波爾多液，每隔7-10天噴1次，連噴2-3次。
六、辣椒根腐病
1、癥狀
（1）發病初期，白天植株的枝葉會萎蔫，傍晚至次日早晨會自行恢復，如此反復多次后植株會枯死。
（2）病株的根頸部、根部皮層發生腐爛，腐爛部位呈淡褐色至深褐色，而且比較容易剝離，露出暗色的木質部。
（3）發病后病部一般僅會在根部和根莖部出現。
2、防治辦法
發病前，用20%二氯異氰尿酸可溶性粉劑300-400倍液（或50%氯溴異氰尿酸可溶性粉劑1000倍液，或50%多寶可濕性粉劑1000倍液）灌根，每隔10天灌1次，連灌2-3次。
七、辣椒斑萎病毒病
1、癥狀
（1）發病后，植株變得比較矮小，而且開始黃化，葉片上出現褪綠線紋（或變為花葉，同時還拌有壞死斑），莖部也出現壞死條紋，并且可以蔓延至枝端。
（2）成熟的果實出現黃化現象，并伴有同心環或壞死條紋。
2、防治辦法
發病初期，噴施5%菌毒清水劑400倍液，或75%菌毒·嗎啉胍水劑500倍液，或20%鹽酸嗎啉胍可濕性粉劑500倍液，或2%寧南霉素水劑500倍液，或10%混合脂肪酸銅水劑100倍液，每隔10天噴1次，連噴2-3次。
