金針菇的品種有如三明1號菌株，007、008幼菇菌、白色品系F21。三明1號菌株的菌絲生長快，7天可滿管，25～30天菌絲可長滿瓶或袋。007、008幼菇菌蓋淡黃至黃褐色，菌柄上部色淡，為白色至淺黃色，下部色深，為金黃至暗褐色，密被褐色短絨毛。白色品系F21金針菇菌絲生長較慢，抗逆性差，抗雜能力弱。
一、三明1號菌株
三明1號菌株的栽培很普遍，菌絲生長快，7天可滿管，25～30天菌絲可長滿瓶或袋。出菇快，30多天即可出菇，栽培周期短，70～80天便可完成整個栽培周期，產量高，生物效率可達70%～100%，質量好，菌柄粗細均勻，色澤淡，人體所需的8種氨基酸含量占氨基酸總量的44.5%，高于一般菇類，適溫寬，3～21℃下均可出菇。抗逆性強，病菇與畸形菇少。
二、007、008幼菇菌
蓋淡黃至黃褐色，菌柄上部色淡，為白色至淺黃色，下部色深，為金黃至暗褐色，密被褐色短絨毛。抗逆性強，接種后菌絲吃料快，出菇早，產量較高。菇蕾生長期間只需微弱散射光（5～10勒克司），菇體顏色隨光照增強而加深。濃色品系金針菇菌蓋軟滑，菌柄脆嫩，香味濃郁，適于生產鮮菇內銷。
三、白色品系F21
白色品系金針菇菌絲生長較慢，抗逆性差，抗雜能力弱。瓶、袋栽培時，菌絲不易長透培養料。出菇期間對二氧化碳耐受力弱。在通氣不良的環境中，菇蕾發生雖多，但成菇數量少，且菇柄易扭曲、畸形或腐心。這種現象在后期尤其嚴重，故生產中常只收前兩茬菇，所以產量較低。白色品系金針菇菇體潔白，適合于加工成出口商品。因其味淡，內銷有時不及濃色品系金針菇受歡迎。
